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飯田様 ＬＩＦＥの皆様
ＧＣ含量とコドンの話を分割します
（あ、送る順番が逆になってしまった。ごめんなさい）
飯田さん：そっち方面は疎いんで教えて下さい．リボゾームＲＮＡのデータベースって
ＷＷＷのＵＲＬありますでしょうか？
木賀：
The rRNA WWW Server
http://rrna.uia.ac.be/
RNA databases
http://megasun.bch.umontreal.ca/other/rna.html
The RNA World at IMB Jena
http://www.imb-jena.de/RNA.html
などがあります。
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飯田さん：それから，ＤＮＡのＧＣ含量では，色々な生物について調べてみると，
ＧＣが非常に高かったり，低かったりするものはありますが，最頻値
を取ると，ほぼ５０％になってますよね．
１例を挙げていただきましたが，上のＲＮＡの場合もそのように考えて
良いのでしょうか？
木賀：
すみませんが、多くの生物での集計はしたことがないのでわかりません。
上記のデータベースから集めて計算させればいいのでしょうけど、私はプ
ログラムを組めないもので数の多いデータを扱うのは苦手です ('');;;
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木賀：ここでふと考えますが、ＧＣ含量の偏りはDNA
複製・修復時の偏りの結果なのでしょうか。それとも、淘汰の結果なのでしょうか。
飯田さん：
んと，もう少し説明していただけますか？ :)
木賀：
DNAの複製・修復時にAT/GCプレッシャーがあったばあい、ＧＣ含量が生育に影響を
与えないのならば、ＧＣ含量はどんどん偏っていくと思います。アミノ酸配列に影響
を与えることが少ないコドン３文字目はもろにこの結果がでるらしいですね。
逆に、DNAの複製・修復時にAT/GCプレッシャーがない場合でも、ゲノムのＧＣ含量
が高ければ、DNA・RNAの熱安定性が良いために生育速度が上昇する、という環境も想
定できます。この淘汰圧の結果ＧＣ含量が偏るかもしれません。
と、ＧＣ含量の偏りには２つの要因が考えられると思います。
最も現実は複雑でしょう。例えば、高熱環境に移った菌は、GCプレッシャーをもつ
DNA複製系を手にすれば、ATプレッシャーをもつ菌よりも素早くＧＣ含量が高いゲノ
ムを用意することができるでしょう。（あれ、これは一種の定方向進化になりますか
？）。また、翻訳効率は生物内のtRNA量によっても制限されます。使用頻度が低いコ
ドンのtRNAは発現量が少ない、ということも知られています。ここで、AT/GCプレッ
シャーが反転したての生物を想定すると、コドン３文字目が変化してしまい、それに
対応するtRNAの量が少ないことが律速になって生育速度が低下するかも知れません。
この現象は、tRNA遺伝子のアンチコドンに対応した変異が起きるまで続きます。
そもそも、DNA複製系にAT/GCプレッシャーがあるということは、それが無い系より
も突然変異率が高い、という事を意味するのでしょうか？だれかご存じありませんか？
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