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高橋です。
| マイコプラズマですか．私は最小の細胞という意味でこの生物に興味を持っ
| ております．代謝経路についても少しだけ調べたことがありますが，
| 1996年の時点では，完全な代謝経路マップを得ることはできませんでした．
| それで，大腸菌とか他の生物の代謝マップを参考にするしかなかった覚えが
その通りです。KEGGやEcoCycのようなデータベースを使用していましたが、
M.genitaliumに関しての完全な情報は得られませんでした。
(整備されてきてはいますが)
遺伝子の機能予測から代謝経路の予測はかなりの程度できるのですが、
機能不明遺伝子については推測するしかないからです。
そこでM.genitaliumの完全なモデルという目標を先送りにして
とりあえずE.coliやM.genitliumの遺伝子を組み合わせて、バクテリアとして
一般的な経路をでっちあげた仮想細胞をつくってみようということに
なりました。各種のminimal gene setも参考にしています。
目標としては十分な培地さえあたえれば自分で取り込んで
自分を維持できる自活細胞が達成できたので、次の目標は細胞分裂(増植)
をおいています。あとはアミノ酸とヌクレオチドの生合成にも手が付いていま
すね。僕自身はシステムの構築が仕事で数値積分法の精度向上や
反応速度論等の地道な作業が主なので担当してる本人に聞かないと
これ以上詳しい話はできないのですが、、
| あります．上のマップは，マイコプラズマの完全代謝経路ができていて
| それをモデル化していらっしゃるということですか？
| その情報は，どこで入手できるでしょうか？
完全であるかどうかは自信がありませんが、プロジェクトのメンバが
M.genitaliumの代謝地図を作成しました。ただ、まだ電子化
されていないうえにプロジェクト内部での使用しか考慮されていないので
外に出すにはまだ早いとおもっています。
慶應義塾大学s 環境情報学部 (Bioinformatics Lab.) ‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾
高橋 恒一
＿＿＿＿＿Kouichi Takahashi t94249kt@***.*** ＿＿＿＿＿＿＿
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