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生命の起源 #789 : LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life study
LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life Study

ID
789
DATE
07/03/1998 09:42:29 AM
TITLE
[life:00789] Re: Minimal Genome Set
AUTHOR
"Kazuhiro Iida
BODY


米澤様 LIFEの皆様

おはようございます.

> ******************************************************************************
>飯田: > > >1.の場合は,どうすれば良いでしょうか?
> > >
> 長峰さん:
> > 起源となりそうな生物を想定して、その証拠となりそうなものを探す、が一般的だと思います。
> > >
> >
> >
>飯田: > コードが違うのは,古細菌とかミトコンですね.
> > (藍藻でも違うコードが見つかったと聞いたことがあります.まゆつば)
> > どれも起原に近いですね.でも,とんでもない機能の蛋白質が見つかった
> > という話しも聞かない.ということは..
> *******************************************************************************
米澤さん:
> DNAが蛋白質をいつでもコードしていると考えるのは説得力に欠けますし
> 科学的根拠のない話ですね。
> もう少し、違う発想を必要とすると考えます、先ず、わからない情報系
> が存在していたならば今でも使われているのか、使われていないのか?

飯田:
これは,翻訳系ができあがる前を指しておられますね?
その時点では,米澤さんのご指摘は「極めて鋭い」ものがあります.

例えば,
DNA→RNA→蛋白質ではなく,
DNA→機能性のRNAだったかもしれません.


(ただ,最小ゲノムセットという場合,翻訳系ができた後
つまり,恐らく生命の起原から,ちょっと後の段階を
対象にしています.)


米澤さん:
> もし、存在していたならば痕跡はどの様にしたら観測出来るのかです。
> 現在で観測、分離出来る古細菌の生理学や生化学を徹底的に洗い直して
> それから生まれる矛盾を立脚点として、それに必要な観測系を確立する
> と言う方法を考えるべきであり、一気に駆け抜けれる程容易な思考では
> 追い付かないと思いますよ。 我々の持つ生物の知識は未だ不十分である
> と言う事を基盤として、可能性を探る必要があるのではないでしょうか。
> 飯田さんが言っている最小ゲノ厶セットと言う発想は、飯田さんの生命
> の起源が今の生物システムを小さくして機能を限定して行けば辿りつく
> 言う考えだと存じますが、? 私もそれも可能性の一つである事は認識
> していますが、それだけに絞り込むには充分な知識を持ち合わせておらず
> その外の可能性に目をつぶるのは無謀のような気がします。

飯田:
このご意見は,よくわかります.むしろ,十分な知識があるのかも
わからない,最小ゲノムセットというものをどう定義するのが合理的
かも良くわからないという現状と認識しています.

最も安易は方法は,

1)遺伝子の距離で推定される最も原始的な生き物のゲノムセットを明ら
  かにする.

2)そのゲノムの遺伝子の個々の機能を調べる.(KOを含む方法で)

3)培地との関連において,削れる機能とそうでない機能を調べる

といったものかと思いますが,これは,米澤さんのご指摘のように
未知の情報処理系の存在をとりあえず無視して,翻訳系が固まった後
だけを議論することです.

この辺から始めるしかないという理由ですが,えられるだろう結果には
かなり期待しています.


未知の情報処理系の痕跡を探る方法にも,かなり期待してしまいます.
具体的には,どのような方法が考えられるでしょうか?


飯田@NEC
--
"Life and Evolution '98"
Kazuhiro Iida,
Fundamental Research Laboratories, NEC Corporation,
34 Miyuki-ga-Oka, Tsukuba, Ibaraki, 305-8501 Japan.
TEL +81(298)50-1142, FAX +81(298)56-6136.
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