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前田様 ＬＩＦＥの皆様
先日お知らせした研究会が無事発足し，やっとレスできる状況になりまし
た．：）
前田さん：> とりあえず活性とかKm, Kcatをはかっているサンプルは純品である
という前提
> になっているのですが・・・。(^^;)
> という事情で、精製の程度は関係ないでしょう。精製されてない酵素では、普
> 通はKm, Kcatは測りません。最低限SDS-PAGEで１バンドであるという確認をし
> たものについてのみ酵素の性質を調べるという段階に入れます。
飯田： (^^;)．ごもっとも．
「何分間で，基質何グラムを分解」といった昔風の酵素活性の定義では，
精製度になんの言及もないので良くない．それで Ｋｍ，Ｋｃａｔ
が推奨されているのかと思ったら，そうでもないわけですね．
つまり，SDSでシングルバンド程度の精製度が，昔風の活性の場合でも前提
なわけですね．ということは，酵素反応のダイナミクスを正しく捕まえる
ことができる／できないというのが，Ｋｍ推奨の理由ということか．
前田さん：
> おそらくは測定している基質の濃度がKmの前後になっていたりした場合に、比
> 活性の値が少しずつ誤差を生じるからではないかと思います。
> でもKm, Kcatといえども、完全に信用してもいいのはオーダーだけで、かなり
> 厳密に取ったデータの場合で有効数字１桁くらいだと思いますよ。
> ２度以上測定してみて２桁一致するというのは、かなり難しいでしょう。
飯田：
酵素の側の問題なのか実験条件の揺らぎの影響なのか，難しい問題ですね．
この辺は，酵素系のシミュレーションをする時に，考慮すべきかもしれません．
先の研究会でも，一つ恐ろしいコメントがでました．
生体内での酵素の働きは，試験管の中で測定されるようなもので
ない可能性があるというものです．
生体内は，非常に高密度に分子が詰まっており，他の物質との
相互作用が非常に強い状態と考えられる．そこでは，一つの酵素
の活性が試験管の中の実験では考えられない未知の因子の支配を
受けている可能性があるというものです．
生化学のテキストに反応経路図が乗っていますが，これは第一次の
近似と考えた方が良いかもしれません．そういう複合系で何が起こる
のか，どうシミュレートすれば良いかは面白いテーマになりそうです．
もちろん，多くの生体系では第一次の経路ですら未知ですし，
まず，第一次を明らかにすることが最も重要だと思っております．
飯田＠ＮＥＣ
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"Life and Evolution '98"
Kazuhiro Iida,
Fundamental Research Laboratories, NEC Corporation,
34 Miyuki-ga-Oka, Tsukuba, Ibaraki, 305-8501 Japan.
TEL +81(298)50-1142, FAX +81(298)56-6136.
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