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前田@生物研です。
コメントできないところはざっくり削ってます。(^^;)
>では,前田さんやのいらっしゃる農環研ではどうでしょう?
>(横山さんも農環研ですよね)一度訪問させていただきたいと
>思っておりました.
もしやるとして、どのくらいの人数になるんでしょうか?
可能かどうかはそれ次第のような気もします。
>それを言われると,ホントに曖昧模糊としてきますね.細胞内の
>代謝ネットワーク自体が.
まぁ、逆に言うと細胞内全体のできている蛋白質を調べて存在するものを特定
して検証するという方向もあるでしょう。
それがProteome研究の1つの意義ともなるかも知れません。
>飯田:あ,Kmはおっしゃるとうり基質酵素複合体の乖離定数で
一般的にはほとんど同義の認識ですが、解離定数とは厳密には違いますね。
(この前、論文をリジェクトされたときに某ジャーナルのレフリーに思いっき
り指摘されました。^^;)
>Vmax/2の時の基質濃度に等しいんでしたっけ.
Michaelisプロットからはそう読みます。
>Kcatが,基質酵素複合体が,生成物と酵素に変換される速度定数
>でしたね.
確かそうです。
>酵素の「活性」って,Kcatで代表するんでしたっけ?
>それともVmax?
活性の定義をいうとどっちも違います。
例えば制限酵素では、
制限酵素活性の1Uは、各制限酵素反応液50μl中、原則として37℃で1時間に1μg
のλDNAを完全に分解する酵素量とする。(後略)
とTaKaRaのカタログに書いてあります。
このように酵素別に「活性」としての単位の定義があり、あるいはそれぞれの
定義をおこなって決めています。
ですから同じ定義に従う酵素間では活性の強弱の議論はある程度まで可能です
が、他の種類の蛋白質同士の比較は不可能です。
実際の論文中には、この定義をもとにして、ある濃度の化合物群をスクリーニ
ングしたときの相対活性値を基質特異性の表として載せることが多かったです。
ただ最近では、この前投稿した論文のレフリーには測った基質全部について、
KmとKcatで示せと言われてデータをとりなおしました。(^^;)
これからのデータはそういう傾向になっていくのかも知れません。
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MAEDA Miki
(- -) mmaeda@***.***
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