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木賀様 LIFEの皆様
RNAのGC含量の件です. ちょっと空けてました.:)
>飯田:
>(それでも,A+U,C+Gを計算すると46%,54%で,ほぼ50%に
>なるのは何故??)
木賀さん:この表の中では、AUが一番少ないのがラット肝臓で39%、一番多いのがポ
リオ
ウィルスで55%になっています。 その後、リボソームRNAのデータベースを覗いてみま
した。
大サブユニットについて、高熱古細菌でGC含量が64%、何かの生物のミトコンドリア
で20%でしたか
ら、tRNAと近い傾向があるかもしれません(注:それぞれ一種しか調べていません)
飯田:
そっち方面は疎いんで教えて下さい.リボゾームRNAのデータベースって
WWWのURLありますでしょうか?
それから,DNAのGC含量では,色々な生物について調べてみると,
GCが非常に高かったり,低かったりするものはありますが,最頻値
を取ると,ほぼ50%になってますよね.
1例を挙げていただきましたが,上のRNAの場合もそのように考えて
良いのでしょうか?
飯田:>分子進化リアクターで,人為的に色々なAT/GC選択圧をかけることで
>コドン自体の進化を再現するという実験やっちゃえばいいんじゃないでしょう
>か.
木賀さん:
DNAの複製機構にプレッシャーを持つよう変異を入れた菌を培養するのも面白いと思
います。ただ、進化させるのに時間がかかってしまいますから、ある程度こちらで手
助けをする必要があるでしょう。問題は、コドンが変化した時に生育が有利になるよ
うなマーカーをどう設計するかです。
飯田:
ミトコンを考えますと,あれの中身って,通常の細胞質と異なる化学組成
に成ってるんじゃないでしょか? 酸化的燐酸化のために,膜の内外で高い
水素イオン濃度差をつくりますよね.酸素呼吸フルにやっている時は,マト
リクスが縮んでしまって見るからに可哀想な形状になったりしてますよね.
こういう溶液の化学組成が大胆に違うような場所では,アミノアシル
シンターゼなんかの特異性,もしくは至適条件も,シフトするとは考え
られませんでしょうか?つまり,例えば,pH(単なる思いつき)を変
えることで,コードも揺らぐということはないでしょうか?
(それからええと,:)マーカーを設計するというのが良く分からないので
教えて下さい.)
木賀さん:ここでふと考えますが、GC含量の偏りはDNA
複製・修復時の偏りの結果なのでしょうか。それとも、淘汰の結果なのでしょうか。
飯田:
んと,もう少し説明していただけますか? :)
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"Life and Evolution '98"
Kazuhiro Iida,
Fundamental Research Laboratories, NEC Corporation,
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