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高橋様 ＬＩＦＥの皆様
高橋さん：
| Si = - v'/νi
| k = Π{Si^{νi}} ----(2)
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| を、現在の状態をS'iとしたときのv(v',S'1,...,S'n,k)を
| 評価関数としてv'に関して最適化するわけです。
| 飯田：
| すみません．ご教授下さい．(2)式がよくわからないので混乱しております．
僕の書き方が悪かったようです。
kは速度定数ではなく平衡定数です。
大文字で書くべきでした。
A + 2B <-> C
だったらば
[A][B]^2
K = ------
[C]
です。
飯田：
あ，了解しました．ありがとうございます．
| 飯田：
| 単位時間で複合体形成の平衡が達成されると仮定して，
| オフライン（他の反応の時間は止めている状態）でD.P.の最適化を
| 行った結果を戻しておられると思っておりましたが，それで
| よろしいでしょうか？
高橋さん：
この平衡反応も他の反応と同じようにReactorとして実装しています。
物質の濃度を操作できるのはE-Cell System自体の介入を除いて
Reactorのみであるという設計を徹底させるためです。
そのために他の反応も同期して計算されるため次のステップでの
平衡は移動します。言い換えると、境界条件として対象とする
平衡反応に関わる物質の濃度の他の反応への依存性は十分小さく遅いものと
仮定しているのに、そうではないことがあるということです。
飯田：
全てパラレルで進行するわけですね．
でも，複合体形成過程の計算の最適化の計算はもちろんオフライン
（最適化中は，他の反応は止まっている）ですよね．
高橋さん：
| 細胞は系のstiffnessがものすごいので工夫が必要だという
| 指摘をいただきました。
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| 飯田：
| 意味深なコメントですね．
| 彼のいうstiffnessとは，どういう意味でしょう．
一般的な意味でのODEのstiffnessをいったんだとおもいます。
というよりか、そのような内容の話をしていたので僕がそう言い換えた
んです。常微分方程式に現れる時間定数に微小なものがあると(幅があると)、
積分間隔を非常に小さくとらなければならなくなります。
飯田：
ありがとうございます．
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"Life and Evolution '97"
Kazuhiro Iida,
Fundamental Research Laboratories, NEC Corporation,
34 Miyuki-ga-Oka, Tsukuba, Ibaraki, 305-8501 Japan.
TEL +81(298)50-1142, FAX +81(298)56-6136.
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