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飯田さん、昨日は有意義な話ができてたのしかったです。
もっと時間があればまだまだ話したいことがあったので
残念でした。LIFEはもっともりあげましょう。 ^^
| 昨日，慶応大学湘南キャンパスをたずねＥ−Ｃｅｌｌの
| ソフトを拝見しました．コード化は高橋さんが一人で担当
実際にはGUI関係を共同でやってるメンバと
二人のチームですが(ちゃんとこう書かないとおこられる、、)、
システムのシミュレーションエンジンの部分全てを含めて
8割以上は僕がやりました。
| されたそうですが，インタフェースも整っていて細胞内の
| 物質の動きが，曲線グラフではありますが手に取るように
| わかります．特定の遺伝子をノックアウトすることも簡単
| にできるのが凄い．私も是非使わせて欲しいので，公開の
| 予定を尋ねましたら，来年中とのことでした．
細胞モデルを組み込み済みのバイナリでの配布は来年の早いうちに、
細胞モデルをユーザで定義できるフルセットを来年中にと
考えています。
| 走化性にかかわるリセプターの複合体を作っている３種類の
| 分子のうち，一つだけを過剰に合成させると，本来のリセプター
| 複合体が逆に形成されなくなることがわかりました．
| 各サブユニット間の結合係数を考慮したモデルをさらに考慮
| することで，実験結果を良くフィットできるようになり，
| このサブユニット間の結合バランスが，食い違いの原因
| だろうことがわかったわけです．
三種以上の部品から成る場合はこういうことが起き得るんですね。
不覚にも思い付きませんでした。
前の日にBrayさんとディスカッションした際、ODE群のstiffnessを
抑えるために複合体形成にdynamic programmingを使っているといったら
それはまずいといわれていたのですが、その理由がこれでわかりました。
| > 今月の分子生物学会で E-Cellのポスターありますね。
| > 楽しみにしています。
ということは京都でお会いできそうですね。楽しみにしています。
慶應義塾大学s 環境情報学部 (Bioinformatics Lab.) ‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾
高橋 恒一
＿＿＿＿＿Kouichi Takahashi t94249kt@***.*** ＿＿＿＿＿＿＿
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