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生命の起源 #349 : LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life study
LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life Study

ID
349
DATE
11/12/1997 01:00:39 AM
TITLE
[life:000349] Re: E-Cell
AUTHOR
"Naoaki Ono" <nono@***.***>
BODY


小野です。

たぶんこういうことではないでしょうか?
>木構造のなかに有向グラフ構造が入れこになっています。

木構造:

外部空間O−>膜M−>細胞質P−>ミトコンドリアT
−>リソソームL
−>etc.E

という空間構造を考え、
各ノードごとに、そこに存在する物質の値が保存される。
その間に有向グラフとして

OにはO内での化学反応経路

O.デンプン->O.糖->O.なんとか
<-O.かんとか

-------------------
PにはP内での反応系

P.a->P.b->P.c<-P.グリシン
<->P.x...P.ATP...
-------------------
といった反応経路が定義されている。
また一部の物質が

O.Na+
|
M.Na+ (?)
|
P.Na+

のように空間を越えて移動することが認められている...


なんか差し出がましいことをしてすいません。
間違っていたらごめんなさい。

ところで、私がいま一番疑問に思っているのは
「(空間)構造の分離がいかにして生まれるのか」という点です。

一つのシステムの中に、反応の様子の異なる部分系を考えるには
何処かに境界が欲しいのは確かなのですが、
その境界を外から与えてしまうと、その時点で視点がすり替えられて
いるようで、やはりなんとなく不満が残ります。

今あるものとしては水と油のように、要素レベルで選別されるモデルや、
反応拡散系のように、距離と拡散との兼ね合いで分化するものなどが
考えられますが、「自分の境界を自分でつくる」というイメージには
(すいません、オートポイエーシス論には後ほど参加しますので
とりあえず見逃して下さい)
いまいちもの足りません。

そういう中で「代謝によって膜を作る」システムをうまく記述できれば
部分系の問題について言えることがあると思うのですが。


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