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生命の起源 #1002 : LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life study
LIFE Mailinglist Archive for the Origins of Life Study

ID
1002
DATE
02/23/1999 09:31:03 AM
TITLE
[life:01002] RE: 返
AUTHOR
"Kazuhiro Iida" <iidakek@***.***>
BODY


This is a multi-part message in MIME format.

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LIFEの皆様

* 適合度ポテンシャルと情報について

適合度ポテンシャルを元に,情報=選択の結果という定義を考えますと,最初
の適合度ポテンシャルと,選択の結果たどりついたポテンシャルの差,つまり
向上あるいは下降した適合度が情報に相当します.

この定義での情報は,経路に依存しないことになりますが,進化,適応を含め
生命系にまつわる情報の性質を考えますと,その推移してきた経路も考えたく
なります(生化学反応系で履歴が顕著に現れているのが,RNAやDNAの塩基配列
です.)

ポテンシャル概念に加えて経路あるいは履歴が持つ情報,.. DNAの複製だけ
でなく,一般の生化学反応で反応経路,反応履歴の持つ情報も含めて「選択」
を定式化して下さる方いませんか?

伏見先生からは適合度ポテンシャルについて次のような情報を提供いただきま
した.
飯田 拝

ここから>>>>>>
> -----Original Message-----
> From: Yuzuru Husimi [mailto:husimi@***.***]
> Sent: Thursday, February 18, 1999 8:22 PM
> To: Kauhiro Iida
> Subject: RE: 淘汰ポテンシャルの定式化
>
>
>
> 飯田先生
> 伏見です。
>
> >現在,あるところで選択の定式化について議論しております.
> >
> >そこで,先生の適合度(淘汰)ポテンシャルについておたずねします.
> >現在,適合度ポテンシャルはどのように定式化されておられますか?
> >参考文献等ございましたら,ご指導の程よろしくお願いいたします.
>
> われわれの業界(進化分子工学)では、配列空間Sequence
> space上の適応度地形
> Fitness
> landscapeと呼んでいます。以前は、私は淘汰値の地形Selective value
> landscapeと呼んでいました。
> これは、進化分子工学のように生体高分子の環境がgivenの
> 場合に有効性をもつ概念
> です。
>
> 生物の存在が環境を変える様な、天然の複雑な進化の場合
> は、適応度の概念の有効性
> がおかしくなってきます。
>
> われわれのは、局所地形への、富士山型からのアプローチで、
>    J.theor.Biol.182, 469-485 (1996)
> J.theor.Biol.191, 377-390 (1998)
> J.theor.Biol.193, 383-405 (1998)
>
> 凸凹型からのアプローチで有名なものに、S.A.KauffmannのNK
> modelがあります。
>    S.A.Kauffmann "Origins of Order" (Oxford Univ. Press, 1993)
>
> この他、多数の試みがあります。
> その中で私が注目しているのは、RNA2次構造に関する
> 大域的地形のイメージを与
> えつつある
> P.SchusterらのNeutral pathのnetworkの仕事です。最近のが
>    J.theor.Biol.194,491-515(1998)
> にありますので、そこに引用されている論文を参照下さい。
<<<<<ここまで.

飯田@NEC基礎研究所

-------
Kazuhiro Iida, "Life and Evolution '99 --> "
Fundamental Research Laboratories, NEC Corporation,
34 Miyuki-ga-Oka, Tsukuba, Ibaraki, 305-8501 Japan.
Phone +81(298)50-1142, Facsimile +81(298)56-6136.



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